2095年,魔法不再是一種虛無縹緲的幻想,而是一種已經應用了近一個世紀的科學技術。 在例行的新生入學的春天,國立魔法大學附屬第一高中,通稱「魔法科高中」,迎來了一對兄妹。 哥哥是什麼事都拿得起放得下的「二科生」,而妹妹是對兄長抱有超越血親感情的完美無缺的「一科生」。 伴隨著兩人的入學,平穩的日常生活開始變得波瀾萬丈。